在郑芝龙全军大败之后，自然也不敢在澎湖岛多停留了。
从战场撤离之后，郑芝龙、郑鸿逵、郑泰、施天福等人，带着残部便朝着大员岛方向逃窜而去。
而其余零星逃窜的海盗船，也顾不得寻找方向了，四处逃窜着。
此时此刻的朱由棷，并没有下令追击。
毕竟，这一次澎湖海战中，大明海军也伤亡惨重。
因此，朱由棷决定先行占据澎湖列岛，进行休整。
等到休整完毕之后，大军出发，再进攻大员岛。
离开战场之后，没多久，大明海军便已经来到了澎湖岛上。
舰队靠岸之后，岸边的海盗，早就跑得四散无影了。
毕竟，先前海面上的猛烈战事，他们也都看在眼中。
他们自然知道，此时的明军极为厉害，他们这点人不是对手。
因此，这些海盗也便早早地放弃了岸边码头。甚至有一些海盗，乘着船只，逃离这里。
在大明海军抵达澎湖岛码头之后，第九兵团便陆陆续续开始登陆，抢占制高点、关键位置，在整个澎湖岛上开始站岗执勤、警戒。
等到将整个澎湖岛完全控制之后，朱由棷等人也登上了澎湖岛。
整个岛上，最奢华的建筑，乃是郑芝龙部位于澎湖岛守将的宅邸。
现如今，已经被第九兵团征用，成为了朱由棷下榻的地方。
来到这里之后，朱由棷看着面前的第一舰队司令官罗金昌、第二舰队司令官吴昌时以及郑森、蔡宇平等人
，开口询问道：“各部的伤亡情况，怎么样了？”
“回禀陛下，”
罗金昌开口回道：“伤亡正在统计之中，估计还要一段时间才能出来。另外，各部也正在全力救治伤员。”
“嗯嗯。”
朱由棷深吸一口气，说道：“这一次澎湖海战，我们虽然打败了郑芝龙主力，大获全胜。但是我们大明海军，也伤亡惨重啊！尤其是主力舰队，更是折损了一两成之多，确实有些出人意料啊！”
“这也算是我们大明海军成军之后的第一战，虽然大获全胜，但是我们也不能因此有侥幸心理。各部不仅仅要抓紧时间救治伤员，还要尽快修缮船只。”
“另外，侦察船还要在周围侦察，防备郑芝龙部再回来。”
“明白！”
罗金昌、吴昌时、郑森、蔡宇平等人连忙点头应道。
吩咐完之后，各部也开始忙碌起来。
所幸的是，澎湖岛本来就是郑芝龙部的一个海上基地。
在岛上，船舶修理、码头仓库等，应有尽有。
在澎湖岛制高点上，甚至还有瞭望台、炮台等设施，防御体系可谓极为完善。