而帖木儿和紫帐汗国的崛起，让马穆鲁克政权的内部形式进一步恶化了。
马穆鲁克的新鲜血液，都是来源与外地。但紫帐汗国的扩张和北衙兵改革，影响了钦察草原的奴隶流动；海伦娜太后坚持进入摩里亚，驱逐了当地的佣兵团伙和意大利商人，导致希腊奴隶的来源枯竭；最后，帖木儿攻入西亚和高加索，最受欢迎的切尔克斯奴隶的来源地也被切断了。
虽然名义上是不分来历的奴隶，但马穆鲁克们一直在以原籍为区分相互争斗。奴隶来源会影响各个势力之间的平衡。而如果所有的传统来源都受到影响，那整个马穆鲁克都会受到削弱。
因此，在之前大部分时间里，马穆鲁克和意大利各国、东罗马、以及金帐各系汗王们，关系都是不错的，而马穆鲁克们也一直在主动地维持这种外交关系。
拉丁帝国和巴列奥略王朝时期，马穆鲁克商人们拥有在黑海自由通行的特权，可以使用热那亚人的港口，进行采购和补给；蒙古人则被允许在亚历山大港包了块地，专门建立一个奴隶仓库；马穆鲁克攻打阿卡，准备彻底终结十字军时，热那亚人还承诺给他们提供海军支持。各方的合作，一度非常紧密。
商路的各个环节，也因此十分完善，甚至能提供售后服务——当年，苏丹拜巴尔刚被卖到叙利亚的时候，买主发现他眼睛不好，就找到奴隶商人退了货。之后，拜巴尔又被阿尤布苏丹看中，这才去了埃及。
但是，在帖木儿和紫帐汗国突然崛起的这段时间，马穆鲁克们却站错了队。他们习惯性地联合老盟友金帐汗国和热那亚，对抗觊觎叙利亚的帖木儿。这导致马穆鲁克和当时刚刚结成的紫帐—威尼斯联盟，意外站在了对立面。
此时掌握苏丹大权的，是切尔克斯奴隶主导的布尔吉王朝。他们刚刚推翻了前任苏丹，但没多久，就被迫直面帖木儿的入侵。
苏丹巴尔库克心里没底，听说紫帐汗国和帖木儿交往甚密，只好又拉了小亚的奥斯曼苏丹巴耶济德组成联盟。就这样，金帐、奥斯曼、马穆鲁克的“一竖”，和紫帐、帖木儿、后来还有法国的“一横”，形成了直接对峙的局面。
然而，帖木儿还没来，巴尔库克就突然去世，留下13岁的儿子法拉吉。他的威望和能力，都无法对抗帖木儿。马穆鲁克最终被迫放弃了叙利亚。
更不巧的是，埃及这时遭遇了罕见的瘟疫和灾荒，可统计的人口损失了三分之二，让王朝处于风雨飘摇之中。
关键时刻，法拉吉试图通过军事胜利来维持权威。但他并没有太出众的军事才能，反而因为暴虐的性格，被所有人厌烦。
地方埃米尔们不停叛乱；他父亲手下的马穆鲁克老兵们排斥他；最后，连他自己的马穆鲁克，都把他抛弃了。
法拉吉最后在试图收复叙利亚的失败远征中被杀，王朝陷入了没有君主的局面。埃米尔们甚至不愿意竞争苏丹位置，因为这个时候上位，风险和责任实在太大了。
最后，大家想了个办法：咱们不是还有个哈里发么，正好，让他上就行。
于是，一直只负责给苏丹颁发上任证书的哈里发穆斯塔因，被埃米尔们任命为了新苏丹。
虽然不知道，埃米尔任命哈里发当苏丹，是不是合乎天方教礼仪，但他们真的这么做了。
与此同时，埃米尔们也联系上了紫帐汗国，说之前打起来都是意外：下面的埃米尔和马穆鲁克们，心思都是好的，都怪上面的苏丹瞎决策。不过这家伙已经被俺们砍了，现在能不能恢复贸易了啊？