在传教早期，利玛窦和他所在的耶稣会就提出，塞里斯的传统礼仪合乎教义，可以相容。他们；但道明会、方济会认为，这些礼仪和教义冲突，认为利玛窦等人都在进行异端行为。双方彼此争执不休，牵扯到了一系列关于教义、文化的争端，以及复杂的政治和教派斗争，前后长达数百年，被称为“中国礼仪之争”。
然而从头到尾，教义在其中都不是主要原因。教会传教这么多年，承认的各种习俗、认可的各类本地宗教多了去了，没必要纠结这种事。但因为两个修会的党争，导致事情走向了无法通融的地步。
1704年，教宗下令禁止祭祖、祭孔、悼亡等礼仪活动，并派出特使宣布命令。次年，特使来到京师，康熙亲自出马，向特使说明情况，解释说敬天、祭祖等仪式，只是为了表达敬意，和宗教无关。
双方多次辩经，还招来肇事的教士，现场解释作证。但尽管清朝说明礼仪关系重大，愿意承认对方的神和自己的天是一个概念，教会依然不愿妥协，谈判无果而终。
1707年，教宗特使来到南京，单方面宣布了禁令。康熙随即逮捕了特使，命令葡萄牙人把他关在澳门，同时声明，传教士必须遵守“利玛窦规矩”，否则就要被驱逐。
但此时，康熙依然还希望能说服对方，并且数次派遣传教士，去罗马给教宗说明情况，辩解经义争端。但教廷依然坚持己见，还扣留了担任清朝代表的法国传教士，迫使康熙又写信求情，才答应放人。
1720年，教宗第二次派特使抵达清廷，康熙再次亲自出面，解释了孔子牌位的由来等问题。然而这次辩解依然无果而终。1721年，教廷禁令的正式公文送到康熙手中，清政府这才放弃，宣布禁止传教。
不过，直到雍正时代，禁令都不太严格，耶稣会也做了最后一次妥协的努力，重新制定了一套变通方法取代“利玛窦规矩”。但这次尝试也很快被教会否决。1742年，教宗正式下达命令，禁止传教士再就礼仪之类的问题展开讨论，终结了相关议题。禁令在整个东亚文化圈生效，也基本上终结了传教的历史。
而这个禁令的结束，要更加戏剧化。
1932年5月，日本出了件事：在耶稣会创办的上智大学，一名陆军军官带领一些学生去参拜靖国神厕，其中有信奉天主教的学生，以这是偶像崇拜为由，拒绝行礼。日本军部对此极为不满，事件逐渐发酵。10月，得到授意的日本媒体开始大幅报道此事，称“上智大生参拝拒否事件”。
短短一个月后，罗马教廷就宣布，参拜神社是表达尊重、敬意的仪式，不算偶像崇拜，允许天主教徒参加。持续了二百年的禁令，在日本随之失效。
1934年，在日本控制下，伪满政府向罗马教会提出，要求天主教徒也参加祭孔等活动，教会同样立刻让步。东亚大陆地区的禁令也失效了。
在此情况下，原有的规定已经失去了意义。1939年，教宗正式颁布文件，宣布正式承认祭祖、祭孔等活动。长达数百年的礼仪之争宣告结束。
就这样，康熙雍正多次辩经都没能成功解决的问题，在溥仪那边解决了……
这件事算是把教会的脸都抽肿了。但凡了解这段历史，都毫不意外为什么近代的东方，教会的名声如此之差——这都不止是傲慢对待其他文明的问题，它连傲慢都不能坚持傲下去，最后只能成了小丑了。
有的人死了，但没有完全死……